Ausdruck der gesellschaftlichen Krise im Reich kurz vor der Reformation war auch die Bundschuhbewegung. Der erste Versuch eines Aufstands wurde 1493 im Elsaß zerschlagen. Als 1502 erneut Bundschuhzusammenschlüsse bekannt wurden, fürchtete die Obrigkeit sofort die Verbindung zu Landsknechten und Reisläufern, denn die Soldknechte waren keine unpolitische Gruppe in den gesellschaftlichen Auseinandersetzungen, der Unzufriedenheit vieler Bevölkerungskreise, der Unsicherheit und Unruhe. Der Bundschuh griff den Ruf nach Reform des Reiches und seiner Gesellschaftsordnung, den Ruf nach Freiheit und Gerechtigkeit und Reform der Kirche auf und war bereit, Lösungen mit Waffengewalt zu erzwingen.
Die Parolen der Bundschuher sprachen den Landsknechten aus dem Herzen. Der Geheimbundcharakter machte ihn schlechthin zur Landsknechtsorganisation, denn als professionelle Krieger kamen sie auch als Gartknechte weit herum, konnten Boten- und Werbeaufgaben wahrnehmen und beherrschten die Geheimzeichen der Nichtseßhaften. Bei den Bundschuhrebellionen 1513 und 1517 spielte dies eine zentrale Rolle. Wenn auch die Bundschuhbewegung insgesamt scheiterte, so brachte sie insbesondere durch die Beziehung zu den Landsknechten das Reich und lokale Obrigkeiten in beachtliche Schwierigkeiten.
Der Kaiser konnte deshalb die Übertretung des Reislaufverbots der aus französischen Diensten zurückkehrenden Knechten nicht zu hart bestrafen, um nicht allesamt hinter die Bundschuhfahne zu treiben.
Ohne Soldvertrag, hungrig, unzufrieden und mit einer ungewissen Zukunft wurde das Gedankengut der Reformation von vielen Knechten begeistert aufgenommen. Auch verbanden sich landsknechtische Ordensvorstellungen mit dem reformatorischen Denken, sie wollten Ritter Gottes sein und gegen die Feinde des Evangeliums ziehen, was sich besonders beim Feldzug Franz von Sickingens gegen den Trierer Bischof 1522 zeigte. Als sich dann 1525 die Revolution des gemeinen Mannes wie ein riesiger Flächenbrand über Deutschland ausbreitete, war die Obrigkeit in einer schwierigen Lage, denn als die vom Schwäbischen Bund angeworbenen Landsknechte erfuhren, daß sie gegen die Bauern eingesetzt werden sollten streikten sie. Die Bauern waren ihre Freunde, denn ohne ihre Ernährer konnten sie in der Gartzeit nicht überleben, zudem war ein großer Teil der Landsknechte bäuerlicher Herkunft.
Durch eine geschickte Rede konnte der Truchseß von Waldburg doch noch den größten Teil seines Heeres gegen die süddeutschen Revolutionshaufen führen. Auf der Gegenseite kämpften auch Landsknechte, mitunter ohne Sold. Sie brachten Kriegserfahrung mit und wirkten beruhigend auf die radikalen Hitzköpfe. Dies gelang nicht immer, wie das bei Weinsberg angewandte Spießgericht, das der Sache der Bauern sehr geschadet hat.
Die kriegsungeübten Bauernhaufen hatten trotz der Verstärkung durch die Landsknechte keine Chance gegen die überlegenen Söldnertruppen des Truchsessen von Waldburg und Herzogs Anton von Lothringen, die im Anschluß daran Strafgerichte abhalteten, deren Brutalität sogar hartgesottene Landsknechte ablehnten.